Родился 1 января 1848 года в семье священника.

Учился в Тамбовской Духовной Семинарии, в 1870–1874 гг. – в КДА, которую окончил со степенью кандидата богословия за соч. «О праве церковного отлучения». В академии специализировался на церковно-практическом отделении. После завершения академического курса назначен преподавателем гомилетики, литургики и каноники в Тамбовскую ДС, с 26 мая 1874 г. преподаватель Свящ. Писания. Одновременно преподавал в семинарии нем. язык, в епархиальном жен. уч-ще и в жен. гимназии географию. В 1882 г. Богоявленский женился и 31 янв. Тамбовским и Шацким еп. Палладием (Ганкевичем) был рукоположен во иерея в Покровском соборе г. Козлова (совр. Мичуринск). В том же году избран депутатом от духовенства Козлова на епархиальный съезд. В 1883 г. назначен благочинным церквей города и настоятелем Троицкой ц. Проявил себя как выдающийся проповедник.

Ранняя смерть супруги, а затем и единственного ребенка резко изменили ход жизни свящ. Василия. 8 февр. 1886 г. в тамбовском в честь Казанской иконы Божией Матери монастыре он был пострижен в монашество, на следующий день возведен в сан архимандрита, назначен настоятелем козловского Троицкого монастыря. 6 окт. 1886 г. В. был переведен на ту же должность в новгородский Антония Римлянина монастырь; был членом Новгородской консистории. Активно участвовал в деятельности новгородского епархиального братства Св. Софии (создано в 1886).

13 июня 1888 г. в Троицком соборе Александро-Невской лавры В. был хиротонисан во епископа Старорусского, викария Новгородской епархии, хиротонию возглавил Новгородский и С.-Петербургский митр. Исидор (Никольский). В. являлся деятельным помощником престарелого митр. Исидора в управлении Новгородской епархией. Епископ объезжал храмы епархии, составляя журналы с подробными сведениями о клире, церкви, приходских школах (напр.: Новгородские ЕВ. 1891. № 11–19), стремился оживить приходскую жизнь. Для повышения образовательного уровня клириков по распоряжению В. был подготовлен список книг, к-рые обязательно должны быть в церковных библиотеках (опубл.: Новгородские ЕВ. 1890. № 5–6. С. 142–145). 19 авг. 1890 г. он присутствовал на открытии в Новгороде епархиальной публичной б-ки. Благодаря В. в епархии повсеместно были введены воскресные внебогослужебные беседы по вопросам веры и нравственности. Он сам осенью и зимой 1888/89 г. прочитал в Софийском соборе цикл из 18 бесед, посвященных религиозно-нравственному воспитанию детей. С февр. 1889 г. в беседах начало участвовать городское духовенство и преподаватели ДС. С 25 марта 1890 г. в Новгороде проходили религиозно-нравственные чтения с духовным пением, сначала в зале Благородного собрания, с окт. того же года – в здании семинарии. В. уделял много внимания церковноприходским школам, его заботами получила новую жизнь школа при Варлаамиевом Хутынском монастыре. Считал одной из важнейших задач борьбу с пьянством, читал проповеди на эту тему, убеждал духовенство заботиться об искоренении пьянства. Благодаря В. в епархии были учреждены 2 должности епархиальных миссионеров.

15 июля 1888 г. В. возглавил в Новгороде празднование 900-летия Крещения Руси. В сент. того же года состоялось перенесение Старорусской иконы Божией Матери из Тихвина в Старую Руссу. 17 сент. В. совершил молебен перед иконой на площади в Ст. Руссе в присутствии 20 тыс. богомольцев, на следующий день служил литургию в соборе старорусского на Острову в честь Преображения Господня мон-ря. 18 сент. стало одним из дней празднования Старорусской иконе Божией Матери. (В Георгиевской ц. Ст. Руссы, где ныне хранится чтимый список иконы кон. XVIII в., в 1997 было исполнено большое настенное изображение В.) В окт. 1890 г. архиерей возглавил торжества по случаю 150-летия Новгородской ДС.

19 янв. 1891 г. В. был назначен на Самарскую кафедру. Так же как и в Новгородской епархии, он уделял большое внимание духовному просвещению, развивал сеть церковноприходских и воскресных школ, добивался бесплатного или льготного снабжения их учебными пособиями, содействовал увеличению числа приходских б-к. Положил начало внебогослужебным религиозно-нравственным чтениям, поочередно проходившим в разных храмах Самары. В. совершал вечерню с чтением акафиста, затем вступительным словом открывал чтение, к-рое продолжал приходской священник, владыка присутствовал на беседе до конца. В февр. 1892 г. В. основал в Самаре религиозно-просветительское братство во имя свт. Алексия, митр. Московского. В здании городской думы открыл бесплатные вечерние чтения религ. содержания. 11 мая 1892 г. по инициативе В. в Самаре прошел общешкольный праздник в память равноапостольных Кирилла и Мефодия, в соборе на литургию собрались все учащие и учащиеся города.

В 1891 г. Самарскую губ. поразил неурожай, следствием к-рого стали голод и эпидемия холеры. В. учредил епархиальный и уездные комитеты для сбора средств и раздачи пожертвований, дал указание консистории об отчислении церковных средств в помощь голодающим. При мон-рях и богатых приходах открылись столовые и чайные для бедняков, всех учащихся кормили бесплатно. В. совершал на площадях Самары общенародные молебствия перед Смоленской иконой Божией Матери об избавлении от холеры. В проповедях призывал жителей города оказывать помощь больным, посещал лазареты, служил панихиды на кладбище. Прекращение эпидемии многие приписывали молитвам святителя.

18 окт. 1892 г. В. был назначен экзархом Грузии с возведением в сан архиепископа Карталинского и Кахетинского. Много времени он проводил в поездках по кавказским приходам и монастырям. Благодаря его деятельности в Экзархате было построено более 100 новых храмов, возобновлены службы в закрытых церквах, восстановлен Мцхетский собор, Самтаврский мцхетский во имя равноап. Нины монастырь.

Особое внимание В., как и на др. местах своего служения, уделял духовно-просветительской работе. Трудами святителя в Кутаисе была устроена ДС; в Экзархате открылось более 300 церковноприходских школ, где учились дети не только из правосл. семей, но и из старообрядческих, арм., евр. и др. Архиерей часто посещал школы и наблюдал за уровнем преподавания. В. организовал во мн. тифлисских храмах внебогослужебные религиозно-нравственные чтения, регулярно посещал храмы города и слушал проповедников. В 1897 г. архиерей учредил епархиальное духовно-просветительское миссионерское братство, объединившее образованное духовенство Тифлиса и мн. мирян. Члены братства устраивали беседы с сектантами и старообрядцами, распространяли правосл. книги, проводили крестные ходы. Благодаря В. оживилась деятельность Общества восстановления православного христианства на Кавказе, которое способствовало устройству при мн. храмах б-к из книг духовно-нравственного содержания на рус. и груз. языках.

В. прилагал много усилий, чтобы поднять религиозно-нравственный уровень народа. По благословению архиепископа в Колючей балке, одном из беднейших районов Тифлиса, был основан молитвенный дом во имя свт. Феодосия Черниговского. В помещении церковноприходской школы по воскресным и праздничным дням проводились занятия для детей этого района, не имеющих возможности посещать учебные заведения; кроме общеобразовательных предметов здесь обучали рукоделию. При тифлисском кафедральном соборе открылись читальня и бесплатная чайная. В районе с неправосл. населением стараниями владыки был построен храм в честь Казанской иконы Божией Матери с залом для религиозно-нравственных бесед и б-кой; во иерея к храму был рукоположен Сергий Городцов (впосл. митр. Новосибирский Варфоломей).

Во время эпидемии холеры в Закавказье в 1893 г. В., получив из комитета народного здоровья известие о первых случаях заболеваний в Тифлисе, призвал население города к общей молитве. 15 авг., в праздник Успения Божией Матери, состоялся крестный ход по районам города, охваченным эпидемией.

Несмотря на самоотверженное служение В., националистически настроенная часть груз. общества и клира относилась к нему враждебно. Из Грузии в Синод поступали многочисленные жалобы на святителя, полные клеветы и наветов. (Современники свидетельствовали, что «нестяжательность, простота, всем известное трудолюбие, исправность во всем, даже, и по преимуществу, иноческое целомудрие, – все в экзархе подвергалось заподозриванию и всевозможным клеветническим доносам». – ПрибЦВед. 1918. № 9–10. С. 350). Среди студентов Тифлисской семинарии активно распространялись революционные и националистические идеи. В конфликтах ректора семинарии архим. Серафима (Мещерякова) со студентами архиерей неизменно поддерживал ректора, чем вызывал негодование груз. газет.

21 февр. 1898 г. В., после возведения в сан митрополита, был назначен на Московскую кафедру. Его помощниками – викариями Московской епархии – стали выдающиеся церковные деятели: 28 февр. 1899 г. митрополит возглавил хиротонию архим. Арсения (Стадницкого) во епископа Волоколамского, 1 июля 1901 г. состоялась хиротония архим. Трифона (Туркестанова) во епископа Дмитровского, 29 июня 1906 г. архим. Анастасия (Грибановского) во епископа Серпуховского.

В Москве святитель применил весь опыт архиерейского служения, накопленный за предыдущие годы. В. призывал духовенство епархии чаще совершать богослужения и поучать паству, открыл новые вакансии при приходах и пригласил туда талантливых проповедников. Каждую неделю В. произносил проповеди на Троицком подворье Троице-Сергиевой лавры, в которых затрагивал актуальные вопросы гос. и общественной жизни, вопросы личности и семьи, богатства и бедности, веры и неверия, темы морали, науки, обсуждал рабочий вопрос, проблемы церковной дисциплины. Его речи публиковались в периодической печати. В Москве получили широкое распространение религиозно-просветительские и назидательные чтения для народа, для детей, для учащихся низших и средних школ, специальные чтения для фабричных рабочих в народных домах и публичные богословские чтения для интеллигенции. 16 июня 1902 г. по инициативе В. в здании Исторического музея на Красной пл. начали работу пользовавшиеся популярностью общеобразовательные курсы для рабочих.

Благодаря усилиям В. в Москве в 1903 г. открылся епархиальный дом с храмом во имя равноап. кн. Владимира, ставший центром просветительской и миссионерской деятельности в епархии (впосл. назывался Владимирским). Московские священники поочередно совершали в нем богослужения, произносили проповеди. По воскресеньям в епархиальном доме служилась вечерня с акафистом при общенародном пении, затем проводились беседы религиозно-нравственного содержания, в которых часто принимал участие митрополит. В большом зале проходили богословские чтения, чтения для рабочих, лекции, беседы, духовные концерты. Ответственным за проповедническую деятельность являлся прот. сщмч. Иоанн Восторгов. В епархиальном доме разместились епархиальный училищный совет, благотворительные учреждения, редакции духовных журналов, Кирилло-Мефодиевское московское братство, Православное миссионерское общество, попечительство о бедных духовного звания, книжный магазин, библиотека с читальным залом и др. 29 дек. 1907 г. В. положил начало молодежному Златоустовскому религиозно-философскому кружку, также располагавшемуся в епархиальном доме. Кружок ставил своей целью содействовать распространению религиозно-философских идей в строго правосл. духе среди учащейся молодежи.

В. много внимания уделял духовным учебным заведениям, заботился об их материальном обеспечении. Учредил жен. богословские курсы, жен. епархиальное училище при московском монастыре в честь иконы Пресв. Богородицы «Всех скорбящих Радость», способствовал строительству здания для Перервинского ДУ, дома для преподавателей МДС, ремонту Заиконоспасского, Донского, жен. Филаретовского духовных уч-щ. В епархии действовали курсы для преподавателей церковноприходских школ, созывались съезды преподавателей Закона Божия.

Для лучшего развития миссионерско-просветительского дела В. открыл ежегодные миссионерские курсы для духовенства, ввел 4 должности епархиальных миссионеров. Учредил Московский епархиальный миссионерский совет, миссионерское братство во имя Воскресения Христова, братство свт. Алексия при Чудовом мон-ре, расширил сферу деятельности Петра митрополита братства. Добился открытия в МДА в 1907 г. кафедры по истории и обличению сектантства, позднее такие кафедры были созданы в др. духовных академиях. Активно создавал народно-миссионерские курсы, на к-рых миссионерству учились рабочие, организовывал церковно-народные хоры.

Одной из наиболее важных миссионерских задач своего времени святитель считал борьбу с распространением социалистических и революционных идей, которые он критиковал с христ. и научной точек зрения. В. считал, что рабочее движение вызвано стремлением пролетариата к нравственному возвышению и улучшению жизни, что естественно и справедливо. Однако избранное средство – революционную борьбу – считал недопустимым.

Святитель резко выступил против революции 1905–1907 гг. В окт. 1905 г., во время всеобщей забастовки, В. и Серпуховской еп. Никон (Рождественский) распорядились разослать по московским храмам поучение для чтения во время литургии. Составленное в очень резкой форме, поучение называло организаторов забастовок «извергами рода человеческого» и призывало верующих «очнуться, проснуться» и быть готовыми «умереть за царя и за Русь» (ЦВ. 1905. № 43. С. 1350–1351). Сознавая опасность такой категоричности, часть московских священников читала «поучение» с сокращениями, многие вовсе не читали, 76 священников заявили о «полной несолидарности» с посланием. 22 окт. 1905 г. Святейший Синод выпустил определение, в к-ром указывал, что послание может стать «причиной междоусобного раздора среди населения» (Там же. № 44. С. 1993–1994, 1997). 30 окт. 1906 г. на специально созванном собрании московского духовенства В. произнес речь «Наша пастырская задача в борьбе с социал-демократической пропагандой». Он назвал РСДРП «зерном… революции», очень опасной политической силой, призвал духовенство активизировать «социальную проповедь», обращать внимание на нужды рабочих, чтобы вытеснить из их умов социалистическое учение (ПрибЦВед. 1907. № 14. С. 617–636). Митрополит поддерживал тесные связи с Союзом русского народа, 6 апр. 1906 г. присутствовал на его первом съезде, совершал молебен.

В. был сторонником созыва Поместного Собора, в 1906 г. участвовал в работе Предсоборного присутствия РПЦ. Поощрял дела милосердия, в частности содействовал вел. кнг. прмц. Елисавете Феодоровне в основании Марфо-Мариинской московской жен. обители (1909). В последние годы пребывания на Московской кафедре много сил отдавал борьбе с народным пьянством. В 1911 г. под его покровительством состоялся Российский противоалкогольный съезд, в 1912 г. Всероссийский съезд практических деятелей по борьбе с алкоголизмом.

2 нояб. 1912 г. скончался С.-Петербургский и Ладожский митр. Антоний (Вадковский), близкий В. с детства. 5 нояб. В. возглавил погребение, 23 нояб. получил назначение на С.-Петербургскую кафедру. Глубоко привязанный к московской пастве, святитель не хотел этого назначения и согласился только после обращения к нему мч. имп. Николая II Александровича. 1–2 дек. 1912 г. В. по приглашению Новгородского архиеп. Арсения (Стадницкого) участвовал в открытии епархиального дома в Новгороде. 3–10 дек. с В. прощалась Москва, приславшая к святителю депутации от всех церковных и религ. учреждений, в создании к-рых он непосредственно участвовал.

В сер. дек. В. прибыл в С.-Петербург. Будучи первоприсутствующим в Святейшем Синоде, святитель должен был уделять много времени общецерковным делам. В 1913 г. как председатель юбилейной комиссии занимался организацией торжеств в честь 300-летия Дома Романовых. В том же году, 12 мая, участвовал в Москве в торжествах прославления сщмч. Ермогена, Патриарха Московского. 29–31 авг. возглавил празднование 200-летия Александро-Невской лавры. 28 июля 1914 г. возглавил у себя на родине, в Тамбове, торжества канонизации Тамбовского свт. Питирима.

В С.-Петербургской епархии В. расширил права и обязанности викариев по сравнению с предшествующим временем, его незаменимым помощником стал Гдовский еп. сщмч. Вениамин (Казанский). В. освятил ряд храмов, в т. ч. 15 янв. 1914 г. собор в честь Феодоровской иконы Божией Матери в С.-Петербурге. 8 сент. 1913 г. в присутствии вел. кнг. Елисаветы Феодоровны благословил начало строительства церкви свт. Николая Чудотворца на Барградском подворье в С.-Петербурге. По благословению В. был создан Историко-археологический комитет С.-Петербургской епархии (устав учрежден в июле 1913).

Как и на др. кафедрах, святитель полагал много сил на борьбу с пьянством. С именем В. связано установление в 1913 г., по определению Синода, всероссийского церковного дня трезвости, приуроченного к памяти усекновения главы св. Иоанна Крестителя (29 авг.). В Петербурге центром проведения дня трезвости стал Исаакиевский собор, куда прибыл многолюдный крестный ход. После литургии В. отслужил на площади перед собором молебен по особому чину «об исцелении страждущих пьянственным недугом». Поддержал инициативу преобразования петербургского Александро-Невского общества трезвости во всероссийское братство, внес на утверждение в Синод проект его устава, председательствовал на учредительном собрании 23 нояб. 1914 г.

В связи с переименованием С.-Петербурга в Петроград В. с 19 авг. 1914 г. титуловался «Петроградским и Ладожским». Во время первой мировой войны святитель не раз участвовал во всенародных молебнах «об одолении супостатов». Первый молебен состоялся 17 авг. 1914 г. на Исаакиевской пл., куда сошлись крестные ходы из всех столичных церквей. По указанию В. в епархии был создан фонд помощи семьям призванных на войну, пожертвование в 1000 р. поступило от Петроградского святителя. 31 дек. 1914 г. в городе открылся общий церковноприходской лазарет на 70 кроватей (3 из них взялся обеспечивать сам митрополит), получивший имя В. В авг. 1915 г. был создан комитет помощи беженцам.

В 1915 г. В. добился аудиенции у имп. Николая II, на к-рой высказал протест против произвольных перемещений архиереев и влияния на внутрицерковную жизнь посторонних лиц, в частности Г. Е. Распутина. Этот разговор привел к охлаждению отношений святителя с императором и имп. св. Александрой Феодоровной. 23 нояб. 1915 г. последовал указ о переводе В. в Киев, на место скончавшегося митр. Флавиана (Городецкого), с сохранением статуса первенствующего члена Синода. 4 дек. в зале Общества распространения религиозно-нравственного просвещения в духе православной Церкви состоялось прощание столичного духовенства с В. Было решено присвоить имя святителя Серафимовской школе общества. Митрополит пробыл в Киеве менее месяца, 7 янв. 1916 г. он уехал в Петроград для участия в заседаниях Синода. Впосл. бо́льшую часть времени он как первоприсутствующий в Синоде проводил в Петрограде.

В. был награжден орденом св. Анны 1-й степени (1893), св. блгв. кн. Александра Невского (1907), св. равноап. кн. Владимира 1-й степени (1915), а также черногорским орденом кн. Даниила I 1-й степени, серб. орденом св. Саввы 1-й степени и др. 24 апр. 1915 г. МДА за совокупность лит. трудов присудила В. степень д-ра богословия.

Во время Февральской революции 1917 г. Святейший Синод под председательством В. 27 февр. отказался выпустить воззвание к народу в поддержку монархии. После прихода к власти Временного правительства В. остался первенствующим членом Синода, выступал против произвольного вмешательства обер-прокурора В. Н. Львова в дела Церкви. 14 апр. указом Временного правительства освобожден от присутствия в Синоде вместе с большинством его членов, вернулся в Киев.

На Украине архиерей столкнулся со стремительным ростом сепаратистского движения. Весной в Киеве была создана должность комиссара по духовным делам, организован Исполнительный комитет духовенства и мирян. На встрече с представителями комитета В. заявил, что орг-ция создана самочинно и стремится к захвату не принадлежащих ей прерогатив. Однако архиерей надеялся впосл. направить ее деятельность в каноническое русло и потому дал благословение на созыв комитетом епархиального съезда духовенства и мирян. Собравшийся в апр. съезд принял постановление о создании независимой Украинской Церкви. В авг. состоялся еще один епархиальный съезд, участники которого продемонстрировали резко враждебное отношение к Синоду и к Киевскому митрополиту.

В июле 1917 г. В. находился в Петрограде, где участвовал в работе Предсоборного совета. В авг. уехал в Москву на Поместный Собор Православной Российской Церкви 1917–1918 гг., который открылся 15 авг. служением В. литургии в Успенском соборе Московского Кремля. Собор избрал В. почетным председателем и председателем отдела церковной дисциплины. Святитель участвовал в 1-м туре выборов Всероссийского Патриарха, получил 13 голосов. 21 нояб. В. возглавил чин интронизации Патриарха Московского и всея России св. Тихона.

В нояб. 1917 г. в Киеве в отсутствие митрополита начал работу особый комитет по созыву Всеукраинского церковного Собора, вскоре переименовавший себя во Всеукраинскую церковную раду. Это «временное правительство для всей Украинской православной Церкви» незамедлительно назначило своих комиссаров в консистории всех укр. епархий. Стремившееся к автокефалии духовенство требовало не допустить возвращения В. в Киев. Однако далеко не все на Украине поддерживали сепаратистов. 24 нояб. состоялось собрание Союза правосл. приходов Киева, выразившее протест против попыток объявления автокефалии Украинской Церкви и высказавшееся за возвращение митрополита. В Москву к В. были посланы депутаты с просьбой вернуться в Киев, поскольку дальнейшие события грозили церковным расколом. В. прибыл в город 4 дек., совершил богослужение в Златоверхом киевском во имя арх. Михаила монастыре.

На Украине В. каноническому митрополиту – противостоял архиеп. Алексий (Дородницын) – председатель Всеукраинской церковной рады. Епископы укр. епархий признали раду правомочной созвать Всеукраинский церковный Собор, открытие которого было назначено на 7 янв. 1918 г. В этот день после литургии и молебна на Софийской пл. в Киеве В. обратился к участникам Собора с приветственным словом. Собор отверг кандидатуру митрополита в качестве председателя Собора и избрал его почетным председателем. В. участвовал во всех соборных заседаниях. 19 янв. 1918 г. 1-я сессия Собора была прервана из-за приближения к Киеву Красной Армии. В дни боев под Киевом В. находился в Киево-Печерской лавре, не раз оказывавшейся под обстрелом, вместе с братией служил молебны, читал акафисты.

Вечером 23 янв. большевики овладели лаврой, солдаты грабили помещения, глумились над монастырскими святынями и насельниками. Вечером 25 янв. (7 февр.) 5 солдат вывели В. на лаврский двор и посадили в автомобиль. На поляне в 1 км от лавры священномученик был расстрелян, перед казнью он благословил палачей. Утром следующего дня тело В. нашли прохожие, сообщившие об этом в лавру. Получив разрешение от властей, архим. Анфим после совершения литии приказал перенести останки священномученика в Михайловскую ц. Наместник лавры архим. Климент отслужил вместе со старшей братией панихиду по убиенному архипастырю. На месте расстрела почти сразу же был поставлен крест. Тогда же и в последние дни служились панихиды как в лавре, так и в приходских храмах Киева. 29 янв. (11 февр.) тело В. перенесли в Успенский собор лавры. Чин отпевания совершили митр. Тифлисский Платон (Рождественский), Екатеринославский еп. Агапит (Вишневский), Черниговский еп. исп. Пахомий (Кедров), Чигиринский еп. сщмч. Никодим (Кротков) и Балтский еп. Пимен (Пегов). Гроб с телом В. был перенесен в Ближние пещеры лавры и погребен в Крестовоздвиженской ц. Большевики не взяли на себя ответственность за убийство иерарха. Была создана комиссия по расследованию обстоятельств трагедии, ничего не выяснившая.

После получения в Москве известия о мученической кончине В. в Князь-Владимирском храме при соборной палате (во Владимирском епархиальном доме), 3(16) февр. была совершена панихида в присутствии всех членов Поместного Собора. Панихиды служили в Новгороде еп. Алексий ( Симанский; впосл. Патриарх Московский и всея Руси), в Петрограде митр. Вениамин (Казанский). Члены Собора почтили память В., посвятив ему заседание 15/28 февр., начавшееся панихидой, которую совершил Патриарх Тихон. Члены Собора приняли решение создать фонд для сооружения часовни на месте убиения В., для открытия в Москве рабочего дома его имени и выплаты пособий семьям погибших священнослужителей. В. был первым рус. священномучеником-архиереем в XX в., его имя стало символом начавшихся гонений на Церковь. Определением Поместного Собора 18 апр. 1918 г. 25 янв. или следующий за ним воскресный день был утвержден днем молитвенного поминовения исповедников и мучеников Российских (Собор, 1918. Определения. Вып. 3. С. 55), празднование восстановлено в 1991 г.

В. был канонизирован Архиерейским Собором РПЦ 1992 г. 20 июля того же года были обретены мощи священномученика и помещены в Дальних пещерах Киево-Печерской лавры.